侵犯商业秘密罪中“重大损失”的认定，历来是办理侵犯商业秘密犯罪案件最集中、最突出的问题。刑事法律规范未涉及“重大损失”的具体认定，主要原因在于侵犯商业秘密造成的损失情形非常复杂，“重大损失”范围尚无定论，成熟计算方法仍需研究论证，即便是归纳出较为简练的计算方法也比较困难，而且争议很大。笔者发现，司法实践中认定“重大损失”主要有商业秘密权利人因侵权行为所遭受的损失、侵权人因侵权行为获得的利益、不低于商业秘密使用许可的合理使用费等几种情形。笔者认为，在办理侵犯商业秘密犯罪案件中，应当区分不同情况，准确适用“重大损失”的认定方法。
认定的一般规则。无论是现行刑法或者相关司法解释，对于侵犯商业秘密罪中的“重大损失”是指被侵犯的商业秘密本身及其载体的价值，还是指商业秘密被侵犯后给权利人造成的实际损失，都没有明确规定。对此，在对“重大损失”进行具体评价时应明确以下几个问题：首先，权利人的损失是指包括直接损失和间接损失在内的实际损失；其次，权利人的损失只包括物质损失而不包括精神损失；再次，权利人的损失不等同于商业秘密的自身价值。在具体计算行为人侵犯他人商业秘密的犯罪行为给权利人造成了多大损失时，则应当根据具体案情，针对性地选择采用合适的计算方法：首先，以侵权行为给权利人造成的实际损失认定损失；其次，以侵权人获得的利润认定损失；再次，以商业秘密许可使用费认定损失；最后，可以由法院综合侵权情节在一定额度内判决确认损失。我国反不正当竞争法第17条明确规定了这种损失的计算办法，即被侵权人所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益，以及法院视情节确认的损失额。
认定的位次规则。“重大损失”是否包括间接损失，这在1997年刑法典修订以来就争议不断。现有的司法解释并没有将间接损失排斥出“重大损失”之外。比较相关司法解释的异同，我们就可以看出，2001年4月18日最高人民检察院、公安部《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》将“直接损失数额50万元以上”作为追诉起点，而2004年12月8日最高人民法院、最高人民检察院《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》就将“直接”二字去掉，改成“造成损失数额在50万元以上”，到了2010年5月7日最高人民检察院、公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定》（下称《追诉标准（二）》），又对这一规定进行重申。笔者认为，“重大损失”可以包括间接损失。现行立案标准罗列了4种“重大损失”的认定方式，作为并列的关系，主要是满足司法机关追诉罪犯的需要，但在最终司法认定上，彼此之间存在位次关系。根据反不正当竞争法第17条规定，首先要按照实际损失额计算，当实际损失难以计算时，才能将侵权人在侵权期间因侵权所获利润作为赔偿额。两种认定方式的关系是先后关系，后者侵权所得利润是前者赔偿额不能判定的前提下方可运用。最后，还附加了前述两种方法无法核算时，创设兜底性的认定规则，即赋予法院根据侵权行为的情节，在一定额度内（300万元以下）的判决裁量权。
犯罪成本扣除。犯罪成本是指犯罪人因实施犯罪而付出的成本，既包括物质和金钱的投入，还包括隐含的机会成本和风险成本。关于犯罪成本是否应当从犯罪数额中扣除，这在理论界和实务界都存在争议。但即使主张犯罪成本应予扣除的观点，也是认为只有那些能弥补被害人财产损失的犯罪成本才能扣减。根据刑法理论和司法实务，在计算犯罪数额时将犯罪成本予以扣除，很大原因是基于有利于被告人原则和刑罚谦抑性原则的考虑。笔者认为，侵犯商业秘密犯罪中的犯罪成本不应该扣除。我国刑事法律对于侵犯知识产权犯罪的整体刑期不高，导致惩治知识产权犯罪的力度不够，刑罚对于犯罪人的威慑力有限，难以充分起到保护知识产权的作用，通过个案中不扣除犯罪成本，加大知识产权犯罪分子刑罚力度，可以实现保障人权和惩罚犯罪的平衡，更符合法律的整体价值。
实质认定的例外情形。考虑到侵犯商业秘密犯罪案件专业性较强和证据收集难度，可对一些案件中的“重大损失”做实质认定，即“重大损失”可以是对商业秘密价值性和实用性的损害。一是间接损失的必要考量。《追诉标准（二）》第73条第1项规定的“损失数额”是否包含间接损失尚未明确。需要注意的是，一般刑事案件中的“重大损失”仅限于直接经济损失，而不包括间接经济损失，但是侵犯商业秘密犯罪中“重大损失”的认定存在例外，不应以直接损失为限。这里的“损失数额”，不仅包括被害人获利的实际减少，也包括被害人应当得到而未得到的预期利益。具体包括行为人侵犯他人商业秘密的行为给商业秘密权利人造成的产品销量的减少、利润的下降，还包括因侵权造成商业秘密在生产、经营、转让等增殖过程中预期利益以及商誉等无形资产损失。二是以商业秘密本身的价值认定。由于被害人依然能够使用其商业秘密，故商业秘密本身的价值原则不能作为被害人的损失数额，但是如果侵犯商业秘密的行为导致被害人丧失了商业秘密或是不可能再利用该商业秘密的，可以将该商业秘密本身的价值作为损失数额。三是特殊情形的兜底认定。商业秘密权利人的损失数额和侵权人所获得的实际利润均难以查实的情形也较为常见，这就需要根据案件具体情况，结合法律及司法解释精神作出合理的认定，重点考虑以下因素：其一，取得商业秘密的成本，如开发、研制商业秘密的成本，保护商业秘密的合理支出费用等；其二，侵权人使用商业秘密之前的获利状况与使用之后的获利大小比较；其三，商业秘密新颖性的程度、商业秘密的生命周期及其所处阶段、市场竞争状况和市场前景等因素，以确定合理预期的未来收益。
